Bohdan liên quan đến một vụ án hình sự của Tổng công tố viên Ukraine. Ông bị nghi ngờ ảnh hưởng đến các phán quyết của tòa án, do đó mà Ukraina có nghĩa vụ trả cho Nga 3,2 tỷ euro dưới sự bảo lãnh của công ty United Energy Systems. Dự thảo công bố về những nghi ngờ đã được chuẩn bị, song các nhân vật lãnh đạo của cơ quan công tố đã ngăn chặn việc điều tra thêm.[17]

Vào tháng 12 năm 2019, Mykhailo Nonyak, cựu người đứng đầu Ukrtransbezpeky đã khởi kiện ông. Nonyak yêu cầu tuyên bố bất hợp pháp đối với yêu cầu truy tố Nonyak của Bohdan và việc sa thải anh ta sau đó.[18]

Bên cạnh đó, vào ngày 19–20 tháng 11 năm 2019, một kênh Telegram ẩn danh có tên "Trumpet Breakthrough" đã công bố các tập tin ghi âm từ văn phòng của Giám đốc Cục Điều tra Nhà nước Roman Truba, chứa nội dung cho thấy Cục đang thực hiện theo các mệnh lệnh chính trị. Đặc biệt, đó là lệnh của người đứng đầu Văn phòng Tổng thống Ukraina Andriy Bohdan liên quan đến cuộc đàn áp bất hợp pháp đối với Tổng thống thứ năm của Ukraina và các thành viên trong phe cánh của ông.[19][20]

Điều tra báo chí

Nhà báo Denys Bigus của chương trình "Our Money" tuyên bố rằng Bohdan có dính líu đến các công ty offshore, cho rằng ông đã nhúng tay vào các vụ lừa đảo tín dụng và thu lợi bất chính hàng trăm triệu hryvnia. Ông sở hữu một cơ ngơi bất động sản ở Koncha Zaspa và một số lô đất lớn ở tỉnh Kyiv, có được qua quá trình công tác trong cơ quan nhà nước. Các nhà báo cho rằng Bohdan là người đã hướng dẫn cách thực hiện việc gian lận tín dụng.[21][22]